过了一阵子(出海晃30天)，主角回桑给巴尔后找码头官员，听说绅士已经抵达，主角到了广场一看，原来是汤马士财务官，他表示因为英国财政已经濒临崩溃，非常需要马克莱格尔的财宝，所以他亲自前来看情况，主角向他表明财宝在印度的卡利卡特，莱萨已和马克莱格尔前往取回。汤马士财务官不放心，便要求主角前去帮忙取回财宝，同时也发给了印度的入港证。

  主角再跟汤马士财务官谈话，他提到因为财政及西班牙强硬的交涉下，可能无法继续提供「海上旅团」援助。就在主角出航前，佛雷德瑞克赶到，并表示英国与「海上旅团」合作终止，必须前来告知莱萨并处理后续问题，便和主角一同前往印度的卡利卡特。

  主角到了卡利卡特。收到风声，有一个女军官在某某宅府，佛雷德瑞克表示应该是莱萨，便到宅府中找莱萨。见到莱萨，她却面有难色，表示马克莱格尔的财宝触礁，可是莱萨的战船太大无法靠近，佛雷德瑞克表示雇用小船就可以解决，但被马克莱格尔反驳表示事情没那么简单，两人吵了起来，莱萨快受不了。这时佛雷德瑞克想到卡利卡特有一个很有名的商人桑杰伊也许能帮上忙，于是就分派任务请主角去休息站打探他的消息。

  到了休息站，主角问到了商人桑杰伊人在广场，便赶往广场。到广场找到桑杰伊，他表示他要分到五分之一的货物才肯帮忙派小船去打捞。佛雷德瑞克不肯并又与马克莱格尔吵了起来，莱萨火了要他们闭嘴并答应桑杰伊的要求。之后主角到港区(出港再进码头广场，银行前的海岸边)找到桑杰伊，询问打捞情形，他表示打捞完成，众人表示要回伦敦时，桑杰伊请主角路过莫三比克时帮忙转交东西给交易所主人。

  

  出港时马克莱格尔问莱萨跟佛雷德瑞克是什么关系，莱萨说佛雷德瑞克只是朋友，马克莱格尔对此存疑。回程到莫三比克，主角将东西交给交易所店主后得到金钱30000及一个珊瑚梳子。出港前主角一行人遇到了两个西班牙兵，正准备逮补主角等人，这时佛雷德瑞克和莱萨合作无间的骗倒了他们并将他们扁了一顿。出航时，马克莱格尔表示佛雷德瑞克和莱萨合作无间的表现显示，两人之间也只有男女间的友情这么单纯。

 

 

  主角一行人回伦敦后，一入港就收到女王要见主角的通知，一行人便往王宫出发。主角进入王宫，跟萨塞克斯伯爵对话后进入谒见厅，莱萨向女王报告讨伐大海贼并取得其财宝的成果，女王也很赞赏。马克莱格尔也很干脆的承认自己的失败，并等待女王的处置。此时女王忽然抽出配剑，并要马克莱格尔觉悟！？只见剑尖落在马克莱格尔的身上，原来不是要杀他，是要封他为骑士爵，并希望他能为英国效力。

  仪式结束后，莱萨等人都为女王的宽大感到佩服。之后主角一行人出了王宫，众人发现佛雷德瑞克还没回来，觉得很奇怪。在听完格尔顿的话后一行人到了码头官员处打听消息，这时佛雷德瑞克的船才刚好进港，莱萨上前质问为何这么晚才回来，佛雷德瑞克表示他在中途跟丢了，所以才会现在才到。不过对于佛雷德瑞克航海技术很了解的莱萨对这个理由并不太信服。之后佛雷德瑞克表示要去确认货物然后就溜了。

 

  过了不久(海上30天)，主角再一次回伦敦时，一入港又收到女王要见主角的通知，到了王宫，莱萨也在那。女王表示大海贼的财宝已经处理完毕，比原先估想的还要多很多，不但足够一次偿还所有的欠款，同时也还剩下相当的量可供利用。因此女王希望主角与莱萨再次去与「海上旅团」谈合作的事情，并表示这次不会再理会西班牙对于此事的抗议，将成为「海上旅团」的坚强后盾。

  

  女王表示根据情报，「海上旅团」目前藏身在奥斯陆，，并命令莱萨和主角前去寻找。就在离开王宫前，主角和汤马士财务官聊了一下，他提到虽然大海贼的财宝相当惊人，不过在对比了主角的船积载量和财宝的数量却发现财宝数量短少了一部份，对此莱萨也感到疑惑。不过主角等还是先执行任务前往奥斯陆。

  到了奥斯陆，主角和格尔顿分头到处打听「海上旅团」的下落，最后在酒馆船员处打听到了他们就在港外不远处。主角走到港边的码头处，和格尔顿发现了佛雷德瑞克和埃格蒙特的船舰，同时莱萨也发现他们的装备全部都换成最新式的，于是莱萨上前质问佛雷德瑞克钱的来源，而佛雷德瑞克则是支吾其辞，最后再联想到汤马士财务官的话及佛雷德瑞克迟到的事情，原来佛雷德瑞克是因为盗取了部份大海贼财宝所以才会迟到，也因此才会有积载量与财宝量有差异的情形。莱萨对于佛雷德瑞克的行为不能谅解，于是跟佛雷德瑞克大吵了一架，同时也因为「海上旅团」不再需要英国因此合作案宣告破局。

  出港时，莱萨对于被利用一事始终耿耿于怀，并且回想到过去被佛雷德瑞克从海中救上来时依稀听到的对话，认为当初佛雷德瑞克救她是因为看到她的家族纹章，知道她是英国贵族，为了利用她和英国所以才会救她。为了将结果向女王说明，一行人又回到了伦敦王宫。莱萨将事实全盘向女王说明，并对遭到利用及无法完成任务一事感到自责。女王对此并没有加以责罚。主角等人离开王宫后，莱萨认为自己的行为已经失去当军人的资格，于是便自行离去了。

 

  经过一段时间，主角在进入赛维尔或阿姆斯特丹的时候，于街上听到了阿尔巴公爵与英国女王交恶的传闻。到了出港前，有使者传信表示女王有急事要见主角，于是主角就火速回到伦敦。在主角往王宫的途中，听到路人对于跟「海上旅团」合作破局一事的评论，及女王正在强化海军的事情。

  主角到了王宫后，发现莱萨与马克莱格尔也在那边。原来这次的命令是女王要我们去袭击西班牙运输武器至加勒比海的船队，但因为还不想正式跟西班牙正式撕破脸，所以要主角伪装成海盗的样子。于是主角得到了海盗的纹章(大海盗徽章)及加勒比海入港证，马克莱格尔也终于知道找他来的原因，并对此跃跃欲试。而莱萨则要证明没有「海上旅团」的协助，海军一样有能力完成各种任务。于是主角一行便前往加勒比海寻找武器输送船。

  

  最后在圣胡安的北边不远处找到头上有惊叹号的敌舰，一行人便与对方的四艘商用大型卡瑞克帆船与一艘重型卡瑞克帆船战斗，主角方只有主角和莱萨两舰。经过一翻死斗，终于击灭敌人。而莱萨在这场战斗中不顾他人劝阻，疯狂的攻击敌人，将敌人打的体无完肤。

 

 

  主角一行回伦敦时，对于全力战斗的莱萨，马克莱格尔非常赞赏并认为她有当海贼的天份，问她要不要当他的伙伴一起在加勒比海打劫西班牙的船。莱萨则拒绝了这个提议并且提到佛雷德瑞克的事，此时马克莱格尔才了解他们之间的事情。

  主角一行回伦敦时，一到街上就发现一阵骚动，原来是西班牙派了使者过来，而那个使者似乎不怀好意。听完传言，主角等便火速前往王宫。

  

  主角一进入王宫，跟汤马士财务官聊了一下，他说使者是「那个人」，进入谒见厅才发现原来是叛国贼克林格利奥，克林格利奥已经成为阿尔巴公爵的手下，并表示西班牙知道加勒比海的海贼是英国所指使的，要女王给他一个交代，女王则回以克林格利奥叛国的事情，并表示这件事跟英国无关。克林格利奥呛声说此举是对阿尔巴公爵宣战，于是双方不欢而散。

  主角等人回报战果后出了王宫，莱萨为了探查克林格利奥的后续动作，便先行离去了。

 

 

  过了一阵子，在一次出海归来伦敦的时候，主角在进港时，听到海军聚集在密德尔顿府，似乎在商讨大事。于是主角便前往密德尔顿府了解实际情形。一到了密德尔顿府，莱萨正好接到克林格利奥正在集结舰队的情报，想在克林格利奥集结完成前抢先一步击溃对方，便邀主角一同前往王宫谒见女王。

  两人进入谒见之间后，莱萨向女王表示克林格利奥正在集结舰队，请女王同意她让她出击，趁克林格利奥未集结完成时先行奇袭克林格利奥。然而女王却认为要等在加勒比海掠夺的马克莱格尔回来，战力充足后才可以去讨伐克林格利奥，否决了莱萨的提议，并严令禁止海军出击。出了王宫，莱萨便心有不满的离去了。（漂10天左右）

  主角到了伦敦码头正准备进行下一次航海时，码头通知密德尔顿府传言请主角到密德尔顿府一趟。主角赶到的时候莱萨的兄长威廉告诉主角，莱萨辞去海军的职务独自前去偷袭克林格利奥的舰队，因为怕她出事，加上主角的船速度较快，请主角先行往塞维尔追上莱萨并阻止她，威廉并表示他随后就到。

  在经过长途航行后，主角终于在塞维尔，外海追上了莱萨，但却发现莱萨被西班牙舰队所包围。原来是克林格利奥故意放出风声要诱使莱萨中计的。敌人大约是五台盖伦帆船等级，主角方面只有莱萨一艘友军，经过一番死斗后，主角终于突破敌人让莱萨可以逃出敌人的包围。此时威廉也抵达并加入战局，不过却不幸被敌人击中而受到重伤，主角等人便急忙将威廉送回伦敦治疗。

 

  回到伦敦后，众人将威廉送回密德尔顿府，莱萨一方面也因为自己的莽撞行动造成这样的结果感到自责，一方面也为了照顾威廉而留在房里。

  

  主角出了密德尔顿府，在屋外遇见马克莱格尔，原来他从加勒比回来，并知道了整件事的经过。马克莱格尔认为莱萨这一阵子失常的表现都是因佛雷德瑞克的关系，解铃还需系铃人，因此请主角前往阿姆斯特丹找佛雷德瑞克，并将他带回来见莱萨。

  主角接受请求，并启程前往阿姆斯特丹。到了阿姆斯特丹外海，却发现大批头上有惊叹号的西班牙舰队在阿姆斯特丹外海，主角只好用武力突破，以一敌五艘军用盖伦帆船，并成功的突破封锁进入阿姆斯特丹。

  

  一入港，主角就听到街上的人在讨论西班牙舰队封港的事，而「海上旅团」也对此事感到棘手，无法出港战斗。主角来到佛雷德瑞克府后，发现「海上旅团」司令官埃格蒙特、佛雷德瑞克等重要人物都在此处商讨对策，当主角到来时，大家都为主角能突破封锁感到很惊讶。当主角告知来意时，佛雷德瑞克却表示因为西班牙舰队封港的关系，他必须留在这，不能和主角回伦敦，就在主角怎么苦劝都无效时，亚玛丽娅走了进来，并对佛雷德瑞克说有一个人无论如何都说要进来见他，所以她把他带了进来。原来是马克莱格尔，马克莱格尔负伤到来并表示莱萨为了要复仇，决定再次出击，马克莱格尔也一同去了，没想到又遇到埋伏，除了马克莱格尔勉强突围以外，其他的人都被抓了。

  马克莱格尔表示需要援助，但是佛雷德瑞克却因封港的事仍在犹豫不决。此时马克莱格尔火了，并对佛雷德瑞克晓以大义，再加上埃格蒙特也帮忙说话，表示他会尽力守住阿姆斯特丹，要佛雷德瑞克放心。于是佛雷德瑞克才下决心跟主角、马克莱格尔一同前往救人。

 

   出了佛雷德瑞克府，佛雷德瑞克向马克莱格尔询问莱萨被抓去哪，马克莱格尔表示应该在奥波多。到了港口，三人准备突破封锁线，正当主角、马克莱格尔成功突破时，佛雷德瑞克却被西班牙舰队所包围，眼见就要走投无路了，忽然间包围佛雷德瑞克的船舰被击沉了，原来是「海上旅团」的司令官埃格蒙特带兵出来掩护，让佛雷德瑞克能顺利的离开前去救人。

 

  三人很快的赶到了奥波多，一入港就发现当初抓走莱萨的那条船，三人便分头找寻莱萨的下落。
主角在城中绕了一圈却无所获时，在银行旁巧遇佛雷德瑞克，佛雷德瑞克表示马克莱格尔好像在酒馆有发现线索，于是两人赶往酒馆，发现马克莱格尔正在痛扁两个西班牙士兵，打到他们都快不省人事了。佛雷德瑞克赶紧上前制止马克莱格尔，免得两个士兵都被打到无法说话，问不出莱萨的下落就惨了。

  经过一番拷问，西班牙士兵表示莱萨已经被带离此地，前往里斯本。主角与马克莱格尔对话完后，马克莱格尔正准备起身，却忽然一阵虚弱，佛雷德瑞克上前扶住他，才发现马克莱格尔背后有道深深的伤口正在淌血，原来之前马克莱格尔要前来告知莱萨遇袭时就已经受重伤，但为了救莱萨所以一直撑到现在才有点不支。马克莱格尔要主角不用管他，应该马上前去里斯本，说完便昏倒了。主角和佛雷德瑞克感受到马克莱格尔的意志，因此照他的要求立即前往里斯本救莱萨。

  一进入里斯本，两人便开始搜索莱萨的踪影。最后在酒馆发现了莱萨，轻松的解决了看守者，并上前和莱萨与格尔顿打招呼。莱萨等很惊讶佛雷德瑞克的到来，并表示附近有看守的士兵，佛雷德瑞克笑着回说那些肉脚们早就收拾干净了。一行人出了酒馆，到了港边，莱萨正要向佛雷德瑞克道谢，佛雷德瑞克却制止她说话，并说出他真正的心声，之前的所作所为，只是为了完成梦想，取回自由的大海。为了让那个梦想成真，希望莱萨能成为他的伙伴，一起奋斗。

 

   莱萨听完以后，才想起当初小时候所追寻的目标，及当初和佛雷德瑞克一起的事。最后两人误会冰释，并约定一起为梦想、为取回那片自由的大海而努力。

  之后主角、莱萨和佛雷德瑞克等同伴们就一起回伦敦。

 

 

 

  过了一阵子，主角出任务归来时，在伦敦遇到了佛雷德瑞克，他并带来了克林格利奥舰队已经整编完成，正向英国而来的消息。两人立刻前往密德尔顿府告知此事，并要莱萨准备迎击。正当在准备的时候使者来到，表示女王要接见主角、莱萨及马克莱格尔等人，佛雷德瑞克表示他会在港口与众人会合，主角一行便先前往王宫。

  女王询问众人与克林格利奥这一战该如何，莱萨表示她已经不是军人，会以海贼的身份尽全力去打败克林格利奥，这样就算失败了克林格利奥也无法怪罪到英国上。不过女王却说，这一战莱萨应该代表英国海军出战，让西班牙瞧瞧英国的真正实力，正式对西班牙宣战。女王并请主角、马克莱格尔一同协助莱萨，为英国尽一份力。

 

  出了王宫，一行人就往码头与佛雷德瑞克会合，一同出航，打算在克林格利奥前往伦敦的途中拦截他。最后在奥波多西北方外海发现了敌人的踪迹。

  

  在奥波多西北方北东大西洋与里斯本海域交界处(15739，3026)，主角等人发现了西班牙舰队的踪影，表面上看起来是五艘，分别是旗舰克林格利奥的重型盖伦帆船一艘，及护卫舰队军用盖伦帆船四艘，他们的头上都有着惊叹号。主角等人在确认是克林格利奥的舰队后，便展开了战斗。开战前，克林格利奥用很轻蔑的语气表示莱萨自不量力的挑战行为，莱萨也不甘示弱的表示所有恩怨将在此了结。

  一进入战斗，敌人变成旗舰重型盖伦帆船一艘，护卫舰队军用盖伦帆船六艘，而我方有两艘轻型盖伦帆船的莱萨舰，因为军用盖伦帆船的人数有8x人，如果真的不得已一定要单挑，请记得用改造过船员数最大的盖伦系船舰，并带满30个地灵印信和三张海军出动要请书，一开战就一边闪炮火一边放地灵印信，有余裕的话帮莱萨舰放放修理或外科医术以免她挂点，之后只要地精印信都放完了，对方炮火应该就构不了威胁，此时就是白兵的时候，要注意是敌方会全部黏过来，所以可能会没有时间做回复的动作，行动力要省着用，或是适时使用撤收铃来中断白兵做回复。护卫舰的白兵并不强，攻只有约八九十，不过旗舰有接近一百五十的攻击力，所以尽量想办法炮击到对方混乱后再冲上去白兵，不然硬上的话可能要分好几次打才有机会。

 

(战斗开始时，提督克林格利奥会出现在战场西北方，战场以主线任务进行者为中心，因此如果有白兵的队友的话，可以以剧情时排在海上的西班牙舰队为中心点，剧情进行者在舰队东方点下去，白兵的帮手在舰队西北方，能看见进行者的距离堵提督)

(敌舰战力情报：外科手术，修理，快速射击，弹道学，水平射击。白兵无技能，但是会丢一些干扰的小道具。)

  经过一番死斗，主角等人终于击沉了克林格利奥的重型盖伦帆船，莱萨很高兴的向主角表达胜利后的喜悦，而克林格利奥则不敢相信自己竟然会被击败，在听到击败他的人是主角后，更是惊讶，居然是当初那个差点被陷害成功的航海初学者。带着不甘与悔恨，克林格利奥就这样葬身北东大西洋，而一切的仇恨，也划下了休止符。

 

 

  一行人带着胜利的喜悦回到伦敦，此时威廉伤势也痊愈了，因此在港口迎接众人，并传达女王将为众人举办盛大的授勋仪式的消息，请众人前往王宫。而佛雷德瑞克在此表示他必须回去阿姆斯特丹和同伴们继续为荷兰的独立而奋斗，因而辞谢了女王的邀请，并和莱萨约定要一起为取回自由的海洋而奋战。

  告别了佛雷德瑞克后，主角和莱萨便前往王宫接受女王的表扬，女王表示这一战的胜利拯救了英国，并表示英国将会更加的强大。

  莱萨在接受表扬后，向主角表示她将会留在海军，为了梦想而努力，并和主角做了约定，希望主角能成为英国首屈一指的航海家，并且有再会的一天。主角得到密德尔顿家的纹章。