剧情与世界观
两款游戏虽同属一个世界观，但时间线和核心玩法存在差异。《明日方舟》故事发生在泰拉大陆，玩家扮演罗德岛管理者，指挥干员应对危机。《明日方舟：终末地》设定于数百年后的废土星球“塔卫二”，聚焦新势力“终末地工业”的开拓，科技水平明显高于前作，体现前文明与后文明的衔接。
核心玩法
《明日方舟》采用2D塔防策略，玩家部署干员进行防御。《明日方舟：终末地》则为3D即时策略RPG，结合实时战斗与策略暂停，增强策略性和操作感。游戏引入箱庭式开放世界探索，支持工业点数驱动的自动化建造、滑索装置部署及无人机运输网络。
画面和角色
画面方面，《明日方舟》采用Q版2D卡通风格，而《明日方舟：终末地》采用3D精细建模，场景更为宏大。角色设计上，《终末地》以原创角色为主，虽延续世界观，但未直接沿用前作种族。
