《超级肉肉男孩3D》里面有很多的关卡，每个关卡通关的方式也都不一样，就比如第一关所有秘密关卡都包含一个跟普通关卡风格不同的小游戏，第一个秘密关卡看起来有点像某些3D的JRPG游戏，但碰到敌人不会进入回合制战斗，而是直接嗝屁。
第一章
进入方法
第一章的第1关，开局向左走就能看到秘密关卡入口。
直接向前走，经过几次跳跃就能到达秘密关卡入口，制作组贴心地在秘密入口附近放了个捕兽夹，要小心不要碰到捕兽夹。
所有秘密关卡都从这种紫色入口进去，靠近秘密关卡入口时背景音乐会发生变化。
通关方法
所有秘密关卡都包含一个跟普通关卡风格不同的小游戏，第一个秘密关卡看起来有点像某些3D的JRPG游戏，但碰到敌人不会进入回合制战斗，而是直接嗝屁。
操控超级肉肉男孩64位吃金币，在短时间内吃掉相邻的所有金币，地图上就会刷一颗星星出来。
地图上共有3处地点有金币，收集全部3颗星星就能拯救绷带女孩。
解锁人物
通关后解锁新人物“超级肉肉男孩64位”，后续的每个秘密关卡通关后都会解锁一个新人物。超级肉肉男孩64位的简介里提到他能三段跳，但实际上他的属性值以及操作手感跟超级肉肉男孩似乎没什么区别。
