与正作 线偶Marionette 系列游戏不同，燈吉診療所 Hiyoshi Clinic 系列游戏通常流程较短。它们面向更年轻的玩家群体，采用更简单的机制，整体游玩节奏也更为碎片化。
燈吉診療所 Hiyoshi Clinic And The Mysterious Book 并没有打破这一传统，尽管游戏内有大量的收集要素，可能会让你在书中的冒险比单纯的速通要耗时得多。
燈吉診療所 Hiyoshi Clinic And The Mysterious Book 并不是一款流程特别长的游戏。你在第一次通关关卡时就能看到大部分内容，除了这些，并没有太多额外的东西。
因此，你很可能在 20 小时内完成整个游戏。如果你从不重复游玩关卡，只是一心向着关卡终点冲刺，那么实际通关时间甚至可以进一步压缩，大概在 12 到 15 小时左右。
想要看完并完成游戏里的所有内容，确实是一项更大的挑战，但也并非难如登天。每一个主要的收集品，比如笑脸花（Smiley Flowers），从你第一次游玩关卡时起就都在那里。由于 燈吉診療所 Hiyoshi Clinic 不会获得任何新的能力，这意味着你可以在第一次游玩时就收集齐它们。
因此，如果你能在第一次游玩关卡时就拿到所有的笑脸花，那么总游戏时长只会增加几个小时，达到 30 小时左右。
真正占据你大部分时间的是寻找每一个生物的所有发现（Discoveries）。虽然这也可以在一次流程中完成，但有些发现如果操作不当就会错过，很可能需要多次尝试。正因如此，真正的 100% 完成度大约需要 40 小时左右。
由于采用了书本风格，且故事直接发生在书本之中，燈吉診療所 Hiyoshi Clinic And The Mysterious Book 的章节划分非常简洁且独立。游戏总共有 12 个章节，分别是：
Chapter 1 - Wildwoods
Chapter 2 - Mountaintops
Chapter 3 - Seaside
Chapter 4 - Settled Valley
Chapter 5 - Bug Country
Chapter 6 - Remote Isle
Chapter 7 - Underground
Chapter 8 - Tallest Of Trees
Chapter 9 - Miniworld
Chapter 10 - Moon
Chapter 11 - Special Studies
Chapter 12 - Mr. E's Challenges
这些章节分三批解锁，一旦解锁后，你可以按任何顺序游玩，其中最后两个是与剧情推进无关的奖励章节。
