游戏《杀戮尖塔2》分为三个阶段四个章节：第一阶段（1-17层）主题为密林/暗港（真菌/水生怪物），第二阶段（18-33层）为巢穴（虫类），第三阶段（34-48层）为荣耀（奇幻人形）。
密林
密林（Overgrowth）是游戏第一阶段的场景之一。
密林场景概述
从第二局游戏开始，与其前作一样，在游戏的最开头，玩家会迎接涅奥。
与前作不同的是，涅奥的选项变为随机给予三个不同的先古遗物且不受玩家前场是否见到一层boss影响。
值得注意的是，本代游戏中的一层强怪池和精英池的强度均得到了大幅度加强。
该阶段整体怪物设计风格以真菌或植物为主题。
作为第一个阶段，该阶段涵盖1-17层，其中：
第1层是先古之民。
第2层必定是一场与普通怪物的战斗。
第10层必定是宝箱房。
第16层必定是休息处。
第17层为Boss战。
暗港
暗港（Underdocks）是游戏第一阶段的场景之一。
暗港场景概述
从第二局游戏开始，与其前作一样，在游戏的最开头，玩家会迎接涅奥。
与前作不同的是，涅奥的选项变为随机给予三个不同的先古遗物且不受玩家前场是否见到一层boss影响。
值得注意的是，本代游戏中的一层强怪池和精英池的强度均得到了大幅度加强。
该阶段整体怪物设计风格以海洋或水生动物为主题。
作为第一个阶段，该阶段涵盖1-17层，其中：
第1层是先古之民。
第2层必定是一场与普通怪物的战斗。
第10层必定是宝箱房。
第16层必定是休息处。
第17层为Boss战。
巢穴
巢穴（Hive）是游戏第二阶段的场景。
巢穴场景概述
与前作不同的是，玩家击败上一阶段的Boss后不会领取boss遗物的奖励，而是会在新的阶段迎接一位先古之民。
它也会给予你一个独特遗物，但效果相比一代更加多样，且直接提供每回合能量的遗物明显减少。
该阶段整体怪物设计风格以各类虫类生物为主题。
作为第二个阶段，该阶段涵盖18-33层，其中：
第18层是先古之民。
第19层必定是一场与普通怪物的战斗。
第26层必定是宝箱房。
第32层必定是休息处。
第33层为Boss战。
巢穴可能出现的事件详见事件页面。
佩尔、欧洛巴斯、特兹卡塔拉只会出现在第二层。
荣耀
荣耀（Glory）是游戏第三阶段的场景。
荣耀场景概述
与前作不同的是，玩家击败上一阶段的Boss后不会领取boss遗物的奖励，而是会在新的阶段迎接一位先古之民。
它也会给予你一个独特遗物，但效果相比一代更加多样，且直接提供每回合能量的遗物明显减少。
该阶段整体怪物设计风格以各类偏西式的古典奇幻形象为主题，并有大量人形敌人。
作为第三个阶段，该阶段涵盖34-48层，其中：
第34层是先古之民。
第35层必定是一场与普通怪物的战斗。
第41层必定是宝箱房。
第47层必定是休息处。
第48层为Boss战。
如果进阶达到，会额外在49层进行一场不与上一场重复的Boss战。
坦克斯、瓦库、诺奴佩普只会在第三阶段出现。
